Zmiany aftowe są bardzo bolesne, powodują duży dyskomfort w codziennym przyjmowaniu posiłków, mowie i czynnościach higienicznych jamy ustnej.
Zmiany pokryte są na swojej powierzchni wysiękiem włóknikowym, silnie przylegającym do podłoża, zaś na obwodzie otoczone są żywoczerwonym rąbkiem zapalnym, wyraźnie oddzielającym je od reszty zdrowego podłoża błony śluzowej jamy ustnej. Często na 24 do 48 godzin przed pojawieniem się aft, zgłaszane są objawy, w postaci pieczenia lub mrowienia, odczuwane na powierzchni śluzówki policzków, krawędzi języka, warg, dna jamy ustnej, podniebienia miękkiego i tylnej ściany gardła.
